Life on the Island
Door: Tom van der Meer
Blijf op de hoogte en volg Tom
13 September 2014 | Verenigd Koninkrijk, Exeter
Zo, m’n oude Peru/Ecuador reisblog maar weer eens afgestoft. Wow, het vorige bericht is uit Vilcabamba, raar…
Week 1. “Wat lopen er veel Wageningers hier op Schiphol…” Na wat informatie ingewonnen te hebben blijkt dat de helft van het vliegtuig vol zit met Wageningers. 29 IO-studenten en 1 celbioloog (Moi). Ja, het was een klein vliegtuig. Op naar ‘Exeter International Airport’.
…
Week 8. Tijd voor de cliché: Time flies when you’re having fun. Het is raar om te merken dat je zo snel gewend kan raken aan een nieuwe plek. De eerste week in een nieuw land is altijd enigszins onwennig. Zeker als je er voor een langere tijd bent. Als je twee weken op vakantie gaat, naar bijvoorbeeld Italië, is je prioriteit zoveel mogelijk leuke dingen doen of op het strand liggen of… In ieder geval probeer je te vermaken en niet teveel aan je werk of school te denken. Als je enkele maanden naar een ander land gaat dan werkt dat toch iets anders. Nou denk je “Engeland, lekker westers, zal wel niet zo moeilijk zijn?”. Klopt, is het ook niet. De supermarkten hebben Europees eten, het straatbeeld in het centrum is gevuld met dezelfde merken als in Nederland, je kan gewoon met contant geld in de supermarkt betalen ook als is het ’s ochtends 8 uur, etcetera. Dat soort dingen kosten niet zoveel moeite.
De dingen die anders zijn vallen in eerste instantie niet echt op. Als je ’s ochtends aankomt in het lab wordt je begroet met “Morning, how are you?”. In eerste instantie reageerde ik hier heel letterlijk op “Hello, yes I’m good.”. Voordat je kan vragen hoe het met hun gaat, lopen ze door of beginnen ze een gesprek. Tot zover niks aan de hand. Totdat je probeert tijdens een begroeting de wedervraag te stellen… en dan moet je snel zijn, heel snel.
9 uur ’s ochtends bij aankomst in het lab:
“Morning Tom, how are you?”
“Morning SteveImgoodthanksandhowareyou?didyouhaveaniceweekend?”… adem in, adem uit.
Anyway, het duurt even maar dan heb je dat wel onder de knie.
De eerste paar weken had ik nog geen fiets. Nou fietsen hier niet heel veel mensen. In een gebouw waar gemiddeld zo’n 300 mensen werken staan een keer 20 fietsen in de fietsenstalling. Het kostte minstens een uur om naar de dichtsbijzijnste supermarkt te lopen en weer terug. Inmiddels heb ik een vette Tiger mountainbike op de kop getikt. De fiets moest opgehaald worden om 4 uur ’s middags links van het speeltuintje bij de Clifton high sports centre, graag contant betalen. Prima, ik daar naartoe gewandeld, rondje om de speeltuin gefietst en het geld overhandigt. Shit, nu moet ik aan de linkerkant van de weg rijden. Na ongeveer 100 meter gefietst te hebben, werd ik afgelijd en automatisch belandde ik aan de rechterkant van de weg. Geen probleem want het was een éénrichtingsweg. Toen kwam de grote weg. “ah, een fietspad, wat handig… wacht dit is ook de stoep.”. 5 minuten later werd ik weer de weg opgestuurd. Volgende obstakel, een rotonde met 2 rijbanen, voorsorteervakken en spitsuur. Gezellig. Oke, proberen om de snelheid van de auto’s te benaderen, netjes in te voegen en als een dolle de rotonde over, waarna ik weer een fietspad/stoep opgestuurd werd. Om dit verhaal niet nodeloos lang te maken zal ik het houden op het volgende: die Engelsen hebben geen idee wat ze met fietsers aan moeten.
Inmiddels zijn er weer een aantal weken verstreken. De tijd begint toch wel een beetje te dringen hier aangezien alles over 2 maanden af moet zijn. Voor m’n gevoel heb ik nog NUL resultaat. Het labwerk is aardig op weg, maar daadwerkelijke data waar ik iets nuttigs over kan zeggen heb ik nog niet. Voor de mensen die geen idee hebben wat ik hier doordeweeks uitvoer zal ik een kleine samenvatting proberen te geven.
Tijdens mijn project doe ik onderzoek naar de immuunreactie van planten (Arabidopsis voor de liefhebber) op een infectie van meeldauw. Meeldauw is een schimmel die een soort witte pluizige laag vormt op de bladeren. Soms zie je dit soort infecties bij kamerplanten, maar ze infecteren ook tarwe en gerst en zorgen daarmee voor een afname van de oogst. De reactie van de plant is het verstevigen van de celwand (met lignine en callose.) en het uitscheiden van, voor de schimmel, giftige eiwitten (glycosinolates), zodat de schimmel niet verder de plant in groeit. Deze eiwitten moeten getransporteerd worden van de plek waar ze geproduceerd worden naar de celwand. Hoe dit transport precies plaatsvindt en hoe de eiwitten op plek van de infectie zijn georganiseerd is niet helemaal duidelijk. Het probleem is namelijk dat de normale (confocal, spinning disk, etc.) microscopen een te lage resolutie hebben de eiwitten van elkaar te onderscheiden. Door superresolutie microscopie toe te passen zouden we deze eiwitten mogelijk wel kunnen zien.
Nu wordt het een beetje technisch, dus als je door wil lezen kan je dit stukje overslaan ;). Ik zal proberen het uit te leggen. De normale miscroscopen hebben een te lage resolutie en kunnen twee eiwitten (gekoppeld aan GFP) niet van elkaar onderscheiden. Je zou ze zien als één grotere vlek. De eiwitten zouden meer dan 200 nanometer van elkaar vandaan moeten zijn om ze als twee verschillende eiwitten te zien. Met superresolutiemicroscopie maak je eerst een foto van eiwit 1 en daarna van eiwit 2. Van beide bereken je exact het midden en later leg je de twee foto’s over elkaar heen en heb je twee losse eiwitten die dichter bij elkaar kunnen liggen dan 200 nanometer. Met andere woorden; een subset van de GFP/YFP gekoppeld aan de eiwitten zou eigenlijk moeten knipperen. Tijdens elk frame staat een subset aan. Van de GFP signalen in de subset bereken je exact het midden. Als je ongeveer 500 frames heb, voeg je ze samen in één foto en heb je een foto met een hogere resolutie (10 tot 20 keer hoger/scherper). Het probleem is echter dat dit systeem nog niet bestaat voor plasmamembraaneiwitten en actine. Het ontwikkelen van zo’n systeem (fixatie van het materiaal, keuze van fluorophoren, etc.) is mijn tweede doel van het project.
Goed, nog twee maanden te gaan en dan ben ik alweer terug in Nederland. Er zal nog een hoop gebeuren. Inmiddels zijn mijn ouders een weekend langs geweest met een overlevingspakket (2 pakken hagelslag, calvé pindakaas en 2(!) kg kaas :)) en hebben we diverse natuurparken in de omgeving bezocht. Ook zijn Tim, Mark en Dries een weekend langs geweest waarin we naar het Eden Project, Dartmoor National Park en het stadje Beer zijn geweest. Beide weekenden waren erg leuk en het was dan ook lastig om maandag ochtend weer terug te gaan naar het lab.
Nu staat er wel weer genoeg op digitaal papier… Ik weet niet of er nog een verhaal komt voordat ik weer terug ben. Ligt er een beetje aan of er nog iets te vertellen is de komende maanden.
Ciao!
Week 1. “Wat lopen er veel Wageningers hier op Schiphol…” Na wat informatie ingewonnen te hebben blijkt dat de helft van het vliegtuig vol zit met Wageningers. 29 IO-studenten en 1 celbioloog (Moi). Ja, het was een klein vliegtuig. Op naar ‘Exeter International Airport’.
…
Week 8. Tijd voor de cliché: Time flies when you’re having fun. Het is raar om te merken dat je zo snel gewend kan raken aan een nieuwe plek. De eerste week in een nieuw land is altijd enigszins onwennig. Zeker als je er voor een langere tijd bent. Als je twee weken op vakantie gaat, naar bijvoorbeeld Italië, is je prioriteit zoveel mogelijk leuke dingen doen of op het strand liggen of… In ieder geval probeer je te vermaken en niet teveel aan je werk of school te denken. Als je enkele maanden naar een ander land gaat dan werkt dat toch iets anders. Nou denk je “Engeland, lekker westers, zal wel niet zo moeilijk zijn?”. Klopt, is het ook niet. De supermarkten hebben Europees eten, het straatbeeld in het centrum is gevuld met dezelfde merken als in Nederland, je kan gewoon met contant geld in de supermarkt betalen ook als is het ’s ochtends 8 uur, etcetera. Dat soort dingen kosten niet zoveel moeite.
De dingen die anders zijn vallen in eerste instantie niet echt op. Als je ’s ochtends aankomt in het lab wordt je begroet met “Morning, how are you?”. In eerste instantie reageerde ik hier heel letterlijk op “Hello, yes I’m good.”. Voordat je kan vragen hoe het met hun gaat, lopen ze door of beginnen ze een gesprek. Tot zover niks aan de hand. Totdat je probeert tijdens een begroeting de wedervraag te stellen… en dan moet je snel zijn, heel snel.
9 uur ’s ochtends bij aankomst in het lab:
“Morning Tom, how are you?”
“Morning SteveImgoodthanksandhowareyou?didyouhaveaniceweekend?”… adem in, adem uit.
Anyway, het duurt even maar dan heb je dat wel onder de knie.
De eerste paar weken had ik nog geen fiets. Nou fietsen hier niet heel veel mensen. In een gebouw waar gemiddeld zo’n 300 mensen werken staan een keer 20 fietsen in de fietsenstalling. Het kostte minstens een uur om naar de dichtsbijzijnste supermarkt te lopen en weer terug. Inmiddels heb ik een vette Tiger mountainbike op de kop getikt. De fiets moest opgehaald worden om 4 uur ’s middags links van het speeltuintje bij de Clifton high sports centre, graag contant betalen. Prima, ik daar naartoe gewandeld, rondje om de speeltuin gefietst en het geld overhandigt. Shit, nu moet ik aan de linkerkant van de weg rijden. Na ongeveer 100 meter gefietst te hebben, werd ik afgelijd en automatisch belandde ik aan de rechterkant van de weg. Geen probleem want het was een éénrichtingsweg. Toen kwam de grote weg. “ah, een fietspad, wat handig… wacht dit is ook de stoep.”. 5 minuten later werd ik weer de weg opgestuurd. Volgende obstakel, een rotonde met 2 rijbanen, voorsorteervakken en spitsuur. Gezellig. Oke, proberen om de snelheid van de auto’s te benaderen, netjes in te voegen en als een dolle de rotonde over, waarna ik weer een fietspad/stoep opgestuurd werd. Om dit verhaal niet nodeloos lang te maken zal ik het houden op het volgende: die Engelsen hebben geen idee wat ze met fietsers aan moeten.
Inmiddels zijn er weer een aantal weken verstreken. De tijd begint toch wel een beetje te dringen hier aangezien alles over 2 maanden af moet zijn. Voor m’n gevoel heb ik nog NUL resultaat. Het labwerk is aardig op weg, maar daadwerkelijke data waar ik iets nuttigs over kan zeggen heb ik nog niet. Voor de mensen die geen idee hebben wat ik hier doordeweeks uitvoer zal ik een kleine samenvatting proberen te geven.
Tijdens mijn project doe ik onderzoek naar de immuunreactie van planten (Arabidopsis voor de liefhebber) op een infectie van meeldauw. Meeldauw is een schimmel die een soort witte pluizige laag vormt op de bladeren. Soms zie je dit soort infecties bij kamerplanten, maar ze infecteren ook tarwe en gerst en zorgen daarmee voor een afname van de oogst. De reactie van de plant is het verstevigen van de celwand (met lignine en callose.) en het uitscheiden van, voor de schimmel, giftige eiwitten (glycosinolates), zodat de schimmel niet verder de plant in groeit. Deze eiwitten moeten getransporteerd worden van de plek waar ze geproduceerd worden naar de celwand. Hoe dit transport precies plaatsvindt en hoe de eiwitten op plek van de infectie zijn georganiseerd is niet helemaal duidelijk. Het probleem is namelijk dat de normale (confocal, spinning disk, etc.) microscopen een te lage resolutie hebben de eiwitten van elkaar te onderscheiden. Door superresolutie microscopie toe te passen zouden we deze eiwitten mogelijk wel kunnen zien.
Nu wordt het een beetje technisch, dus als je door wil lezen kan je dit stukje overslaan ;). Ik zal proberen het uit te leggen. De normale miscroscopen hebben een te lage resolutie en kunnen twee eiwitten (gekoppeld aan GFP) niet van elkaar onderscheiden. Je zou ze zien als één grotere vlek. De eiwitten zouden meer dan 200 nanometer van elkaar vandaan moeten zijn om ze als twee verschillende eiwitten te zien. Met superresolutiemicroscopie maak je eerst een foto van eiwit 1 en daarna van eiwit 2. Van beide bereken je exact het midden en later leg je de twee foto’s over elkaar heen en heb je twee losse eiwitten die dichter bij elkaar kunnen liggen dan 200 nanometer. Met andere woorden; een subset van de GFP/YFP gekoppeld aan de eiwitten zou eigenlijk moeten knipperen. Tijdens elk frame staat een subset aan. Van de GFP signalen in de subset bereken je exact het midden. Als je ongeveer 500 frames heb, voeg je ze samen in één foto en heb je een foto met een hogere resolutie (10 tot 20 keer hoger/scherper). Het probleem is echter dat dit systeem nog niet bestaat voor plasmamembraaneiwitten en actine. Het ontwikkelen van zo’n systeem (fixatie van het materiaal, keuze van fluorophoren, etc.) is mijn tweede doel van het project.
Goed, nog twee maanden te gaan en dan ben ik alweer terug in Nederland. Er zal nog een hoop gebeuren. Inmiddels zijn mijn ouders een weekend langs geweest met een overlevingspakket (2 pakken hagelslag, calvé pindakaas en 2(!) kg kaas :)) en hebben we diverse natuurparken in de omgeving bezocht. Ook zijn Tim, Mark en Dries een weekend langs geweest waarin we naar het Eden Project, Dartmoor National Park en het stadje Beer zijn geweest. Beide weekenden waren erg leuk en het was dan ook lastig om maandag ochtend weer terug te gaan naar het lab.
Nu staat er wel weer genoeg op digitaal papier… Ik weet niet of er nog een verhaal komt voordat ik weer terug ben. Ligt er een beetje aan of er nog iets te vertellen is de komende maanden.
Ciao!
Reageer op dit reisverslag
Je kunt nu ook Smileys gebruiken. Via de toolbar, toetsenbord of door eerst : te typen en dan een woord bijvoorbeeld :smiley
